Sinopsis:

UFO: Afterlight se emplaza en una colonia construida en el planeta Marte con la ayuda de los Reticulanos. La historia sucede en paralelo a los acontecimientos de UFO: Aftershock. La base de Marte es autosuficiente y además proporciona todas las necesidades para la supervivencia a un reducido grupo de humanos que viven en otro planeta. Aunque la gente de la colonia dispone de los conocimientos y la tecnología para seguir progresando, la supervivencia es su mayor preocupación. Su única actividad es investigar una excavación cercana que prueba la existencia de una antigua civilización extraterrestre altamente desarrollada.

El jugador entra en el juego cuando las investigaciones empiezan a afectar seriamente a los habitantes de Marte por la aparición de inesperados enemigos, unos robots construidos hace siglos por los extraterrestres para protegerse y eliminar todo resquicio de otras civilizaciones en Marte.